但事實上，對于農貿市場來說，食品安全監管是很復雜的，由于商戶攤販的參差不齊，售賣種類的多種多樣，以及農貿市場本身的落后設施條件，都間接導致了農貿市場成為了很多食品安全問題滋生的“沃土”。
農貿市場種類多，環節復雜，可追溯性難操作
就比如農貿市場里肉類食品和蔬菜類植物性食品，兩者的食品安全追溯就不同，實現環節也有所側重。首先農貿市場肉類食品基本都是規模化生產，而且多數工廠都形成了產業鏈條，提供的肉食品都是經過深加工或初加工之后進入市場的，在質量檢測追溯方面是完全可控的。肉類食品中從生豬、活雞到成品肉，經過養殖場到屠宰場再到批發市場或農貿市場、超市等環節，在追溯方面也比較容易，像成品豬肉，都有檢疫章或成品單號，方便追溯查詢。
但對于農貿市場蔬菜類的植物性食品來說，在追溯方面則相對比較復雜。由于先天性的小農經濟、產銷地分離等因素影響，導致我國很多農產品很難規模化生產。而且較為重要一點則是農產品在流通中的分散性十分明顯。一般流通環節是由固定經銷商從產地或大棚（種植大戶）運輸，進入批發市場，再從批發市場到農貿市場、超市、菜市場等分流發散出去，再有一些當地自種農民（小散單位）自由販賣等，源頭供應商繁多、供應環節復雜，導致農貿市場的蔬菜類食品追溯起來很難。此外，蔬菜類食品追溯還有一個難題，就是由于大多農貿市場蔬菜批量較大，它很難像豬肉那樣實現在每一株蔬菜上做出標簽或標碼。這也一定程度上，導致農貿市場蔬菜類食品很難追溯，只能單純地依靠經驗和誠信維護，但是結果有很大的不確定性。
農貿市場缺乏可視化、有效的追溯數據支撐
較后，整個農貿市場食品安全追溯缺乏有利的數據支撐，無論是流通數據、交易數據、監測數據，還是商戶信息、市場信息、菜品信息等，市場其實都有，但是缺乏一個集中的數據平臺整理、記錄。導致整個農貿市場沒有可視化的數據，這也一定程度上導致了農貿市場想實現食品安全追溯很難。無據可查，也無據可依，更無據可究。
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